Có bốn phân họ được công nhận:

Họ Vespertilionidae

• Phân họ Vespertilioninae
  • Tông Eptesicini
    • Chi Arielulus
      • Arielulus aureocollaris
      • Arielulus circumdatus
      • Arielulus cuprosus
      • Arielulus societatis
      • Arielulus torquatus
    • Chi Eptesicus
      • Eptesicus andinus
      • Eptesicus bobrinskoi
      • Eptesicus bottae
      • Eptesicus brasiliensis
      • Eptesicus chiriquinus
      • Eptesicus diminutus
      • Eptesicus dimissus
      • Eptesicus floweri
      • Eptesicus furinalis
      • Eptesicus fuscus
      • Eptesicus gobiensis
      • Eptesicus guadeloupensis
      • Eptesicus hottentotus
      • Eptesicus innoxius
      • Eptesicus japonensis
      • Eptesicus kobayashii
      • Eptesicus lobatus
      • Eptesicus lynni
      • Eptesicus nasutus
      • Eptesicus nilssonii
      • Eptesicus pachyotis
      • Eptesicus platyops
      • Eptesicus serotinus
      • Eptesicus taddeii
      • Eptesicus tatei
    • Chi Hesperoptenus
      • Hesperoptenus blanfordi
      • Hesperoptenus doriae
      • Hesperoptenus gaskelli
      • Hesperoptenus tickelli
      • Hesperoptenus tomesi
  • Tông Lasiurini
    • Chi Lasiurus
      • Phân chi Dasypterus
        • Lasiurus ega
        • Lasiurus intermedius
        • Lasiurus insularis
        • Lasiurus xanthinus
      • Phân chi Lasiurus
        • Lasiurus atratus
        • Lasiurus blossevillii
        • Lasiurus borealis
        • Lasiurus brachyotis
        • Lasiurus castaneus
        • Lasiurus cinereus
        • Lasiurus degelidus
        • Lasiurus ebenus
        • Lasiurus egregius
        • Lasiurus minor
        • Lasiurus pfeifferi
        • Lasiurus salinae
        • Lasiurus seminolus
        • Lasiurus varius
  • Tông Nycticeiini
    • Chi Nycticeinops
      • Nycticeinops schlieffeni
    • Chi Nycticeius
      • Nycticeius aenobarbus
      • Nycticeius cubanus
      • Nycticeius humeralis
    • Chi Rhogeessa
      • Rhogeessa aeneus
      • Rhogeessa alleni
      • Rhogeessa genowaysi
      • Rhogeessa gracilis
      • Rhogeessa hussoni
      • Rhogeessa io
      • Rhogeessa minutilla
      • Rhogeessa mira
      • Rhogeessa parvula
      • Rhogeessa tumida
      • Rhogeessa velilla
    • Chi Scoteanax
      • Scoteanax rueppellii
    • Chi Scotoecus
      • Scotoecus albigula
      • Scotoecus albofuscus
      • Scotoecus hindei
      • Scotoecus hirundo
      • Scotoecus pallidus
    • Chi Scotomanes
      • Scotomanes ornatus: Dơi đốm hoa
    • Chi Scotophilus
      • Scotophilus borbonicus
      • Scotophilus celebensis
      • Scotophilus collinus
      • Scotophilus dinganii
      • Scotophilus heathi
      • Scotophilus kuhlii
      • Scotophilus leucogaster
      • Scotophilus marovaza
      • Scotophilus mhlanganii
      • Scotophilus nigrita
      • Scotophilus nucella
      • Scotophilus nux
      • Scotophilus robustus
      • Scotophilus viridis
      • Scotophilus tandrefana
    • Chi Scotorepens
      • Scotorepens balstoni
      • Scotorepens greyii
      • Scotorepens orion
      • Scotorepens sanborni
  • Tông Nyctophilini
    • Chi Nyctophilus – Dơi tai lớn New Guinean và Australia
      • Nyctophilus arnhemensis
      • Nyctophilus bifax
      • Nyctophilus corbeni
      • Nyctophilus daedalus
      • Nyctophilus geoffroyi
      • Nyctophilus gouldi
      • Nyctophilus heran
      • Nyctophilus howensis
      • Nyctophilus major
      • Nyctophilus microdon
      • Nyctophilus microtis
      • Nyctophilus nebulosus
      • Nyctophilus timoriensis
      • Nyctophilus sherrini
      • Nyctophilus shirleyae
      • Nyctophilus walkeri
    • Chi Pharotis
      • Pharotis imogene
  • Tông Pipistrellini
    • Chi Glischropus
      • Glischropus javanus
      • Glischropus tylopus
    • Chi Nyctalus
      • Nyctalus aviator
      • Nyctalus azoreum
      • Nyctalus furvus
      • Nyctalus lasiopterus
      • Nyctalus leisleri
      • Nyctalus montanus
      • Nyctalus noctula
      • Nyctalus plancyi
    • Chi Parastrellus
      • Parastrellus hesperus
    • Chi Perimyotis
      • Perimyotis subflavus
    • Chi Pipistrellus – Chi Dơi muỗi
      • Pipistrellus abramus
      • Pipistrellus adamsi
      • Pipistrellus aero
      • Pipistrellus angulatus
      • Pipistrellus ceylonicus
      • Pipistrellus collinus
      • Pipistrellus coromandra
      • Pipistrellus deserti
      • Pipistrellus endoi
      • Pipistrellus grandidieri
      • Pipistrellus hanaki
      • Pipistrellus hesperidus
      • Pipistrellus inexspectatus
      • Pipistrellus javanicus
      • Pipistrellus kuhlii
      • Pipistrellus maderensis
      • Pipistrellus minahassae
      • Pipistrellus murrayi (có thể đã tuyệt chủng, lần cuối người ta nhìn thấy tháng 8 năm 2009.)
      • Pipistrellus nanulus
      • Pipistrellus nathusii
      • Pipistrellus papuanus
      • Pipistrellus paterculus
      • Pipistrellus permixtus
      • Pipistrellus pipistrellus
      • Pipistrellus pygmaeus
      • Pipistrellus raceyi
      • Pipistrellus rueppellii
      • Pipistrellus rusticus
      • Pipistrellus stenopterus
      • Pipistrellus sturdeei
      • Pipistrellus tenuis
      • Pipistrellus wattsi
      • Pipistrellus westralis
    • Chi Scotozous
      • Scotozous dormeri
  • Tông Plecotini
    • Chi Barbastella
      • Barbastella barbastellus
      • Barbastella beijingensis
      • Barbastella darjelingensis
      • Barbastella leucomelas
    • Chi Corynorhinus
      • Corynorhinus rafinesquii
      • Corynorhinus mexicanus
      • Corynorhinus townsendii
    • Chi Euderma
      • Euderma maculatum
    • Chi Idionycteris
      • Idionycteris phyllotis
    • Chi Otonycteris
      • Otonycteris hemprichii
      • Otonycteris leucophaea
    • Chi Plecotus
      • Plecotus ariel
      • Plecotus auritus
      • Plecotus austriacus
      • Plecotus balensis
      • Plecotus begognae
      • Plecotus christiei
      • Plecotus gaisleri
      • Plecotus homochrous
      • Plecotus kolombatovici
      • Plecotus kozlovi
      • Plecotus macrobullaris
      • Plecotus ognevi
      • Plecotus sacrimontis
      • Plecotus sardus
      • Plecotus strelkovi
      • Plecotus taivanus
      • Plecotus teneriffae
      • Plecotus turkmenicus
      • Plecotus wardi
  • Tông Vespertilionini
    • Chi Chalinolobus
      • Chalinolobus dwyeri
      • Chalinolobus gouldii
      • Chalinolobus morio
      • Chalinolobus neocaledonicus, sometimes treated as a subspecies của Chalinolobus gouldii
      • Chalinolobus nigrogriseus
      • Chalinolobus picatus
      • Chalinolobus tuberculatus
    • Chi Eudiscopus
      • Eudiscopus denticulus
    • Chi Falsistrellus
      • Falsistrellus affinis
      • Falsistrellus mackenziei
      • Falsistrellus mordax
      • Falsistrellus petersi
      • Falsistrellus tasmaniensis
    • Chi Glauconycteris
      • Glauconycteris alboguttata
      • Glauconycteris argentata
      • Glauconycteris beatrix
      • Glauconycteris curryae
      • Glauconycteris egeria
      • Glauconycteris gleni
      • Glauconycteris humeralis
      • Glauconycteris kenyacola
      • Glauconycteris machadoi
      • Glauconycteris poensis
      • Glauconycteris superba
      • Glauconycteris variegata
    • Chi Histiotus
      • Histiotus alienus
      • Histiotus humboldti
      • Histiotus laephotis
      • Histiotus macrotus
      • Histiotus magellanicus
      • Histiotus montanus
      • Histiotus velatus
    • Chi Hypsugo
      • Hypsugo alaschanicus
      • Hypsugo anchietae
      • Hypsugo anthonyi
      • Hypsugo arabicus
      • Hypsugo ariel
      • Hypsugo bodenheimeri
      • Hypsugo cadornae
      • Hypsugo crassulus
      • Hypsugo eisentrauti
      • Hypsugo imbricatus
      • Hypsugo joffrei
      • Hypsugo kitcheneri
      • Hypsugo lophurus
      • Hypsugo macrotis
      • Hypsugo musciculus
      • Hypsugo pulveratus
      • Hypsugo savii
      • Hypsugo vordermanni
    • Chi Ia
      • Ia io
    • Chi Laephotis
      • Laephotis angolensis
      • Laephotis botswanae
      • Laephotis namibensis
      • Laephotis wintoni
    • Chi Mimetillus
      • Mimetillus moloneyi
    • Chi Neoromicia
      • Neoromicia brunneus
      • Neoromicia capensis
      • Neoromicia flavescens
      • Neoromicia guineensis
      • Neoromicia helios
      • Neoromicia malagasyensis
      • Neoromicia matroka
      • Neoromicia melckorum
      • Neoromicia nanus
      • Neoromicia rendalli
      • Neoromicia robertsi
      • Neoromicia somalicus
      • Neoromicia tenuipinnis
      • Neoromicia zuluensis
    • Chi Philetor
      • Philetor brachypterus
    • Chi Tylonycteris
      • Tylonycteris pachypus
      • Tylonycteris pygmaeus
      • Tylonycteris robustula
    • Chi Vespadelus
      • Vespadelus baverstocki
      • Vespadelus caurinus
      • Vespadelus darlingtoni
      • Vespadelus douglasorum
      • Vespadelus finlaysoni
      • Vespadelus pumilus
      • Vespadelus regulus
      • Vespadelus troughtoni
      • Vespadelus vulturnus
    • Chi Vespertilio
      • Vespertilio murinus
      • Vespertilio sinensis
• Phân họ Murininae
  • • Chi Harpiocephalus
    • Harpiocephalus harpia
    • Harpiocephalus mordax
  • Chi Harpiola
    • Harpiola (Murina) grisea
    • Harpiola isodon
  • Chi Murina
    • Murina aenea
    • Murina aurata
    • Murina bicolor
    • Murina cyclotis: Dơi mũi ống tai tròn
    • Murina eleryi
    • Murina florium
    • Murina fusca
    • Murina gracilis
    • Murina harpioloides
    • Murina harrisoni
    • Murina hilgendorfi
    • Murina huttoni
    • Murina leucogaster: Dơi mũi ống lớn
    • Murina puta
    • Murina recondita
    • Murina rozendaali
    • Murina ryukyuana
    • Murina silvatica
    • Murina suilla
    • Murina tenebrosa
    • Murina tiensa
    • Murina tubinaris: Dơi mũi ống lông chân
    • Murina ussuriensis
• Phân họ Myotinae
  • Chi Cistugo
    • Cistugo lesueuri
    • Cistugo seabrai
  • Chi Myotis
    • Phân chi Myotis
      • Myotis altarium
      • Myotis anjouanensis
      • Myotis auriculus
      • Myotis bechsteini
      • Myotis blythii
      • Myotis chinensis
      • Myotis dieteri
      • Myotis emarginatus
      • Myotis escalerai
      • Myotis evotis
      • Myotis goudoti
      • Myotis keenii
      • Myotis morrisi
      • Myotis myotis
      • Myotis pequinius
      • Myotis punicus
      • Myotis septentrionalis
      • Myotis sicarius
      • Myotis thysanodes
      • Myotis tricolor
    • Phân chi Chrysopteron
      • Myotis flavus
      • Myotis formosus
      • Myotis hermani
      • Myotis rufopictus (previously was considered as Myotis formosus subspecies)
      • Myotis welwitschii
    • Phân chi Selysius
      • Myotis alcathoe
      • Myotis annectans
      • Myotis atacamensis
      • Myotis ater
      • Myotis aurascens
      • Myotis australis
      • Myotis brandti
      • Myotis bucharensis
      • Myotis californicus
      • Myotis carteri (có thể là phân loài của Myotis nigricans)
      • Myotis ciliolabrum
      • Myotis davidii
      • Myotis dominicensis
      • Myotis elegans
      • Myotis findleyi
      • Myotis frater
      • Myotis gomantongensis
      • Myotis hajastanicus
      • Myotis hosonoi
      • Myotis ikonnikovi
      • Myotis insularum
      • Myotis keaysi
      • Myotis latirostris
      • Myotis leibii
      • Myotis martiniquensis
      • Myotis melanorhinus
      • Myotis muricola
      • Myotis mystacinus: Dơi tai có ria
      • Myotis nesopolus
      • Myotis nigricans
      • Myotis nipalensis
      • Myotis oreias
      • Myotis ozensis
      • Myotis phanluongi
      • Myotis planiceps
      • Myotis ridleyi
      • Myotis rosseti
      • Myotis scotti
      • Myotis siligorensis: Dơi tai sọ cao
      • Myotis sodalis
      • Myotis yanbarensis
      • Myotis yesoensis
    • Phân chi Isotus
      • Myotis bombinus
      • Myotis nattereri
      • Myotis schaubi
    • Phân chi Leuconoe
      • Myotis adversus
      • Myotis aelleni
      • Myotis albescens
      • Myotis annamiticus
      • Myotis austroriparius
      • Myotis bocagii
      • Myotis capaccinii
      • Myotis chiloensis
      • Myotis cobanensis
      • Myotis csorbai
      • Myotis dinellii
      • Myotis dasycneme
      • Myotis daubentoni
      • Myotis fimbriatus
      • Myotis fortidens
      • Myotis grisescens
      • Myotis hasseltii
      • Myotis horsfieldii
      • Myotis laniger
      • Myotis levis
      • Myotis longipes
      • Myotis lucifugus
      • Myotis macrodactylus
      • Myotis macropus
      • Myotis macrotarsus
      • Myotis moluccarum
      • Myotis montivagus
      • Myotis occultus
      • Myotis oxyotus
      • Myotis peninsularis
      • Myotis petax
      • Myotis pruinosus
      • Myotis ricketti
      • Myotis riparius
      • Myotis ruber
      • Myotis simus
      • Myotis stalkeri
      • Myotis velifer
      • Myotis volans
      • Myotis yumanensis
    • Phân chi Pizonyx
      • Myotis vivesi: Dơi ăn cá
  • Chi Lasionycteris
    • Lasionycteris noctivagans
• Phân họ Kerivoulinae
  • Chi Kerivoula
    • Kerivoula africana
    • Kerivoula agnella
    • Kerivoula argentata
    • Kerivoula cuprosa
    • Kerivoula eriophora
    • Kerivoula flora
    • Kerivoula hardwickii
    • Kerivoula intermedia
    • Kerivoula kachinensis
    • Kerivoula krauensis
    • Kerivoula lanosa
    • Kerivoula lenis
    • Kerivoula minuta
    • Kerivoula muscina
    • Kerivoula myrella
    • Kerivoula papillosa
    • Kerivoula pellucida
    • Kerivoula phalaena
    • Kerivoula picta
    • Kerivoula smithii
    • Kerivoula titania
    • Kerivoula whiteheadi
  • Chi Phoniscus
    • Phoniscus aerosa
    • Phoniscus atrox
    • Phoniscus jagorii
    • Phoniscus papuensis